Τα δάνεια του Μεγάρου Μουσικής είναι τρία. Από τη συνολική οφειλή των 245 εκατ. ευρώ το ένα δάνειο προέρχεται από την Εθνική Τράπεζα και είναι ύψους 95 εκατ. ευρώ και τα άλλα δύο από την Ευρωπαϊκή Τράπεζα Επενδύσεων, ύψους 78.857.936 ευρώ και 55.419.314 ευρώ.