Ελλειμματικός κατά 235.370 ευρώ προβλέπεται ο προϋπολογισμός του ΕΚΟΜΕ για το 2021. Συνολικά, το Κέντρο, που αναβαθμίζεται σε κόμβο χρηματοδότησης της κινηματογραφικής και τηλεοπτικής παραγωγής στην Ελλάδα, έχει προϋπολογισμό ύψους 44.459.684 ευρώ, τη στιγμή που τα έξοδα ανέρχονται στα 44.695.054 ευρώ. Το έλλειμμα των 235.370, σύμφωνα με την έγκριση του υπουργείου Ψηφιακής Διακυβέρνησης, θα καλυφθεί από έκτακτη επιχορήγηση και οφείλεται στην απασχόληση δέκα επιπλέον εργαζομένων που θα ενταχθούν στο ΕΚΟΜΕ το 2021. Η επιχορήγηση του ΕΚΟΜΕ από τον τακτικό προϋπολογισμό ανέρχεται στο 1.900.000 ευρώ, ενώ τα 42.559.684 ευρώ προέρχονται από πόρους δημοσίων επενδύσεων και αφορούν την ενίσχυση της οπτικοακουστικής παραγωγής.
